Seine berufliche Laufbahn begann der gebürtige Holzmindener im Jahr 1945 mit einer Ausbildung zum Schlosser und Elektroinstallateur im väterlichen Betrieb. Nach der Meisterprüfung sowohl im Schlosser- als auch Elektroinstallateurhandwerk übernahm er 1966 die Geschäftsführung des Unternehmens und verhalf durch Fortbildungen, Innovationen und Weiterentwicklungen zum stetigen Wachstum des Unternehmens.
Otto Künnecke zeichnete sich aber auch vor allem durch sein ehrenamtliches Engagement für das Handwerk und die Region aus. Über Jahrzehnte hatte er die Funktion des Kreishandwerksmeisters und des Obermeisters der Metallinnung in Holzminden inne. Seit 1969 war Otto Künnecke im Landesverband Metall Niedersachsen/Bremen aktiv und wurde dort 1993 zum Präsidenten und nach seinem Ausscheiden 2002 zum Ehrenpräsidenten gewählt. Außerdem war er Vorstandsmitglied der Handwerkskammer Hildesheim, Mitglied des Niedersächsischen Handwerkertages und Mitglied im Bildungsrat beim Ministerpräsidenten des Landes Niedersachsen.
1990 gründete Otto Künnecke die eigene Otto-Künnecke-Stiftung und setzte sich ab 2005 als stellvertretender Vorsitzender bei der Bürgerinitiative „Zukunft für den Hochschulstandort Holzminden“ ein.
Für sein vielseitiges, leidenschaftliches und ehrgeiziges Engagement wurden Otto Künnecke höchste Auszeichnungen verliehen. Er erhielt das Bundesverdienstkreuz, die goldene Verdienstnadel des Bundesverbandes Metall, das Handwerkszeichen in Gold, den niedersächsischen Verdienstorden und zuletzt im Jahre 2005 die Ehrenbürgerschaft seiner Heimatstadt Holzminden und Rosswein/Sachsen.